CLARA - HPC cluster

O projekte CLARA

High performance computing systém CLARA@UNIBA.SK (CLustered Academic Research Appliance) prevádzkuje CIT a jeho služby poskytuje na formou SAaOS (Software As an Optimised Service - softvér ako optimalizovaná služba) od 15.01. 2020 pre vedecké tímy UK. Klaster je pripravený pre teoreticko-chemické a teoreticko- fyzikálne výpočty resp. jadrom ktorých výpočtov sú masívne paralelizované maticové operácie, kde sa riešia problémy v chémii, farmácii a biológii. Systém CLARA sa skladá z prepojených výpočtových uzlov klastra, systémového a aplikačného vybavenia. Bol implementovaný, nakonfigurovaný a optimalizovaný na vysoký permanentný výkon odbornými pracovníkmi CIT UK v druhej polovici roka 2019. Projekt vzhľadom na relatívne nízku energetickú náročnosť spĺňa aj predpoklady green computingu.

Unikátnosť CLARA@UK

CIT UK prevádzkuje HPC systém s vysokou pridanou hodnotou, čo v praxi znamená, že používateľom je poskytovaná takmer okamžitá technická aj obsahová podpora prostredníctvom volaní na hotline CEPIT. Týka sa najmä bežných prevádzkových problémov ale aj špecifických riešení, ktoré siahajú až do oblasti praktického využitia teoreticko-chemických  a teoreticko- fyzikálnych výpočtov, vzhľadom na fakt, že odborné kompetencie zamestnancov CITu z časti pokrývajú aj túto oblasť.

Text odporúčanej informácie pre autorov o inštitucionálnej podpore vedeckého projektu, ako súčasť publikačných výstupov

Acknowledgment: This work was supported in part through the Comenius University in Bratislava CLARA@UNIBA.SK high performance computing facilities, services and staff expertise of Centre for Information Technology. https://uniba.sk/en/HPC-Clara


Poďakovanie: Táto práca bola čiastočne podporená vedecko-výskumnou platformou Univerzity Komenského v Bratislave na zariadeniach, IKT službách a odborných znalostiach zamestnancov Centra informačných technológií pre vysokovýkonné počítanie CLARAUNIBA.SK. https://uniba.sk/HPC-Clara

Disseminácia výstupov projektu

  1. informačný a disseminačný  seminár pre výskumných pracovníkov 16.01.2020 na PriFUK
  2. informačný a disseminačný  seminár pre výskumných pracovníkov 14.02.2020 na FaFUK
  3. informačný a disseminačný  seminár – zostal iba plánoch, pretože COVID-19

Základné technické údaje o klastri CLARA@UK

VýrobcaSupermicro
HardvérSYSF619P2-RT/ X11DPFR
Typ CPU2xCPU – Intel Xeon Silver 4216
Parametre CPU2.1GHz, 16C/32T, AVX-512 FMA
Interkonektivita56G InfiniBand + 2x10G Ethernet
Počet modulov
(priestorový faktor 4U)
1
Počet výpočtových uzlov 8
Počet soketov CPU 16
Počet prepojovacích zariadení InfiniBand 1
Celková aktuálna konfigurácia 256 cCPU, RAM 2,5TB, SDD 38TB
Aktuálne inštalovaný výkon pre Double Precision aritmetiku 8 TFLOPS
Aktuálna energetická  náročnosť <2kW
Nainštalovaný systémový softvér CentOS 7.4, Sun Grid Engine SGE v.8.1, Open MPI v.2.1, gcc / gfortran  v.4.8
Optimalizované matematické knižniceOpenBLAS v.0.3.8, ATLAS v.3.10.3 LAPACK v.3.9.0

Kľúčové kvantitatívne parametre využitia ku dňu 15.03.2020

Parameter Hodnota Jednotky
celkový počet používateľov 32 výskumníkov
počet dokončených úloh 4622 Ks
priemerná dĺžka trvania úlohy 13325 Sec
celkový "virtuálny" CPU** čas 4637 Dní
počet I/O operácii (read/write bytes) 40,7 PB
**=prepočet na 1 fyzické jadro, výpočty by trvali toľko    
APLIKÁCIE Počet úloh %
DIRAC 637 14
GAUSSIAN 2576 56
Open MOLCAS 1200 26
NWCHEM 32 1
SCHRODINGER 177 4
CFOUR    
GROMACS    
MRCC    

Vedecké projekty UK, s top využitím výpočtových zdrojov CLARA@UK

Zodpovedný riešiteľ: Doc. Pavel Neogrády, DrSc.
Názov vedeckého projektu: Referenčné výpočty vlastností, interakcií a reaktivity chemických systémov.
Oblasť teoretického zamerania: teoretická a počítačová chémia


Zodpovedný riešiteľ: Prof. Ivan Černušák, DrSc.
Názov vedeckého projektu: Eurofusion WPHCD-2020-ENR Computational modelling of Cs-Mo and impurities interactions in NBI sources                                          
Oblasť teoretického zamerania: Materiálová chémia / dizertačná práca Mgr. Silvia Kozáková


Zodpovedný riešiteľ: Prof. Ivan Černušák, DrSc. a Dr. Florent Louis (Univ. Lille)
Názov vedeckého projektu: Chemical reactivity of halogens in troposphere (bilateral cooperation CU and UL)
Oblasť teoretického zamerania: Atmosférická chémia


Zodpovedný riešiteľ: Florent Louis (Associate Professor) –

Participants : Florent Louis (Associate Professor), Sonia Taamalli (Research Engineer), Zainab Srour (Master 2 student in Atmospheric Environment)
Address : PhysicoChimie des Processus de Combustion et de l’Atmosphère (PC2A), UMR CNRS/Université de Lille 8522, Université de Lille, Bât. C11, 59655 Villeneuve d’Ascq, France

Názov vedeckého projektu: Atmospheric chemistry of halogenated species

Oblasť teoretického zamerania: Computational Chemistry 


Zodpovedný riešiteľ: Dr. Michal Májek

Názov vedeckého projektu: V rámci projektu PECaN (H2020) – Foto-elektro katalýza: nová paradigma v aktivácii organických molekúl. Výpočet fotochemických a elektrochemických vlastností organických látok a štúdium ich reaktivity pomocou DFT metód.

Oblasť teoretického zamerania: organická chémia, organická fotochémia a elektrochémia


Zodpovedný riešiteľ:   Doc. Ing. Vladimir Frecer, DrSc.

Názov vedeckého projektu: APVV-17-0239 Počítačový dizajn, syntéza, testovanie a dispozícia inhibítorov neuraminidáz chrípkového vírusu typu A ako potenciálnych antivirálnych látok

Oblasť teoretického zamerania: Molekulové modelovanie a dizajn antivirálnych látok


Zodpovedný riešiteľ:   Doc. Ing. Vladimir Frecer, DrSc.

Názov vedeckého projektu: VEGA 1/0228/17 Výskum antimikrobiálnych látok a ich vplyvu na modelové membrány.

Oblasť teoretického zamerania: Molekulové modelovanie a dizajn antimikrobiálnych látok


Zodpovedný riešiteľ:   Doc. Ing. Vladimir Frecer, DrSc.

Názov vedeckého projektu:  Modelovanie vzťahu štruktúra – funkcia mutantných proteínov pacientov s geneticky podmienenými ochoreniami sietnice

Oblasť teoretického zamerania: rigorózna práca uchádzača Mgr. Adam Hotra, PhD.


Zodpovedný riešiteľ:   Doc. Ing. Vladimir Frecer, DrSc.

Názov vedeckého projektu:  QSAR a výskum antimikrobiálnych peptidomimetík

Oblasť teoretického zamerania: rigorózna práca uchádzača Mgr. Peter Polonec


Zodpovedný riešiteľ: Doc. Ing. Vladimir Frecer, DrSc.

Názov vedeckého projektu: QSAR a návrhy nových antivirálnych látok

Oblasť teoretického zamerania: diplomová práca uchádzača Michal Talapka


Zodpovedný riešiteľ:   RNDr. Lukas Felix Pasteka PhD.

Názov vedeckého projektu:  Teoretická spektroskopia vybraných molekúl a možnost ich laserového chladenia

Oblasť teoretického zamerania: Bakalárska práca, Andrej Hurajt


Zodpovedný riešiteľ: prof. RNDr. Miroslav Urban, DrSc.

Názov vedeckého projektu: CCSD(T) benchmarks for DFT modeling of covalent and dispersion interactions in polyethylene cross-linked by metal atoms

Oblasť teoretického zamerania: Materiálová chémia


Zodpovedný riešiteľ: Radovan Šebesta; ďalší riešitelia: Mgr. Patrícia Čmelová (doktorand)

Názov vedeckého projektu: Hybridné peptidové – tiomočovinové katalazátory (téma riešená v rámci projektu APVV-18-0242, Asymetrická multikatalýza pre efektívnu syntézu chiálnych karbocyklických a heterocyklických zlúčenín)

Oblasť teoretického zamerania: organická chémia (asymetrická katalýza)


Zodpovedný riešiteľ: Radovan Šebesta; ďalší riešitelia: Mgr. Dominika Krištofíková (doktorand)

Názov vedeckého projektu: Stereoselektívne domino reakcie s mechanickou aktiváciou (téma riešená v rámci projektu VEGA 1/0332/19, Mechanochémia – nástroj pre efektívnu asymetrickú katalýzu)

Oblasť teoretického zamerania: organická chémia (asymetrická katalýza)


<output></output>

Kapacitná vyťaženosť klastra - 24 hodín