CLARA - HPC cluster

O projekte CLARA

High performance computing systém CLARA@UNIBA.SK (CLustered Academic Research Appliance) prevádzkuje CIT a jeho služby poskytuje na formou SAaOS (Software As an Optimised Service - softvér ako optimalizovaná služba) od 15.01. 2020 pre vedecké tímy UK. Klaster je pripravený pre teoreticko-chemické a teoreticko- fyzikálne výpočty resp. jadrom ktorých výpočtov sú masívne paralelizované maticové operácie, kde sa riešia problémy v chémii, farmácii a biológii. Systém CLARA sa skladá z prepojených výpočtových uzlov klastra, systémového a aplikačného vybavenia. Bol implementovaný, nakonfigurovaný a optimalizovaný na vysoký permanentný výkon odbornými pracovníkmi CIT UK v druhej polovici roka 2019. Projekt vzhľadom na relatívne nízku energetickú náročnosť spĺňa aj predpoklady green computingu.

Unikátnosť CLARA@UK

CIT UK prevádzkuje HPC systém s vysokou pridanou hodnotou, čo v praxi znamená, že používateľom je poskytovaná takmer okamžitá technická aj obsahová podpora prostredníctvom volaní na hotline CEPIT. Týka sa najmä bežných prevádzkových problémov ale aj špecifických riešení, ktoré siahajú až do oblasti praktického využitia teoreticko-chemických a teoreticko- fyzikálnych výpočtov, vzhľadom na fakt, že odborné kompetencie zamestnancov CITu z časti pokrývajú aj túto oblasť.

Text odporúčanej informácie pre autorov o inštitucionálnej podpore vedeckého projektu, ako súčasť publikačných výstupov

Disseminácia výstupov projektu

Základné technické údaje o klastri CLARA@UK

Výrobca	Supermicro
Hardvér	SYSF619P2-RT/ X11DPFR
Typ CPU	a) 2xCPU - Intel Xeon Silver 4216 b) 2xCPU - Intel Xeon Gold 6226R c) 2xCPU - Intel Xeon Gold 6240R
Parametre CPU	a) 2.1GHz, 16C/32T, AVX-512 1xFMA b) 2.9GHz, 16C/32T, AVX-512 2xFMA c) 2.4GHz, 24C/48T, AVX-512 2xFMA
Interkonektivita	56G InfiniBand + 2x10G Ethernet
Počet modulov (priestorový faktor 4U)	2
Počet výpočtových uzlov	16
Počet soketov CPU	32
Počet prepojovacích zariadení InfiniBand	2
Celková aktuálna konfigurácia	576 cCPU, RAM 7680GB, SDD 104TB
Aktuálne inštalovaný výkon pre Double Precision aritmetiku	27 TFLOPS
Aktuálna energetická náročnosť	<4kW
Nainštalovaný systémový softvér	CentOS 7.4, Sun Grid Engine SGE v.8.1, Open MPI v.2.1, gcc / gfortran v.4.8
Optimalizované matematické knižnice	OpenBLAS v.0.3.13

Kľúčové kvantitatívne parametre využitia ku dňu 15.03.2020

Parameter	Hodnota	Jednotky
celkový počet používateľov	32	výskumníkov
počet dokončených úloh	4622	Ks
priemerná dĺžka trvania úlohy	13325	Sec
celkový "virtuálny" CPU^** čas	4637	Dní
počet I/O operácii (read/write bytes)	40,7	PB
**=prepočet na 1 fyzické jadro, výpočty by trvali toľko
APLIKÁCIE	Počet úloh	%
DIRAC	637	14
GAUSSIAN	2576	56
Open MOLCAS	1200	26
NWCHEM	32	1
SCHRODINGER	177	4
CFOUR
GROMACS
MRCC

Vedecké projekty UK, s top využitím výpočtových zdrojov CLARA@UK

Zodpovedný riešiteľ: Doc. Pavel Neogrády, DrSc.
Názov vedeckého projektu: Referenčné výpočty vlastností, interakcií a reaktivity chemických systémov.
Oblasť teoretického zamerania: teoretická a počítačová chémia

Zodpovedný riešiteľ: Prof. Ivan Černušák, DrSc.
Názov vedeckého projektu: Eurofusion WPHCD-2020-ENR Computational modelling of Cs-Mo and impurities interactions in NBI sources
Oblasť teoretického zamerania: Materiálová chémia / dizertačná práca Mgr. Silvia Kozáková

Zodpovedný riešiteľ: Prof. Ivan Černušák, DrSc. a Dr. Florent Louis (Univ. Lille)
Názov vedeckého projektu: Chemical reactivity of halogens in troposphere (bilateral cooperation CU and UL)
Oblasť teoretického zamerania: Atmosférická chémia

Zodpovedný riešiteľ: Florent Louis (Associate Professor) –

Participants : Florent Louis (Associate Professor), Sonia Taamalli (Research Engineer), Zainab Srour (Master 2 student in Atmospheric Environment)
Address : PhysicoChimie des Processus de Combustion et de l’Atmosphère (PC2A), UMR CNRS/Université de Lille 8522, Université de Lille, Bât. C11, 59655 Villeneuve d’Ascq, France

Názov vedeckého projektu: Atmospheric chemistry of halogenated species

Oblasť teoretického zamerania: Computational Chemistry

Zodpovedný riešiteľ: Dr. Michal Májek

Názov vedeckého projektu: V rámci projektu PECaN (H2020) – Foto-elektro katalýza: nová paradigma v aktivácii organických molekúl. Výpočet fotochemických a elektrochemických vlastností organických látok a štúdium ich reaktivity pomocou DFT metód.

Oblasť teoretického zamerania: organická chémia, organická fotochémia a elektrochémia