CLARA - HPC cluster
O projekte CLARA
High performance computing systém CLARA@UNIBA.SK (CLustered Academic Research Appliance) prevádzkuje CIT a jeho služby poskytuje na formou SAaOS (Software As an Optimised Service - softvér ako optimalizovaná služba) od 15.01. 2020 pre vedecké tímy UK. Klaster je pripravený pre teoreticko-chemické a teoreticko- fyzikálne výpočty resp. jadrom ktorých výpočtov sú masívne paralelizované maticové operácie, kde sa riešia problémy v chémii, farmácii a biológii. Systém CLARA sa skladá z prepojených výpočtových uzlov klastra, systémového a aplikačného vybavenia. Bol implementovaný, nakonfigurovaný a optimalizovaný na vysoký permanentný výkon odbornými pracovníkmi CIT UK v druhej polovici roka 2019. Projekt vzhľadom na relatívne nízku energetickú náročnosť spĺňa aj predpoklady green computingu.
Unikátnosť CLARA@UK
CIT UK prevádzkuje HPC systém s vysokou pridanou hodnotou, čo v praxi znamená, že používateľom je poskytovaná takmer okamžitá technická aj obsahová podpora prostredníctvom volaní na hotline CEPIT. Týka sa najmä bežných prevádzkových problémov ale aj špecifických riešení, ktoré siahajú až do oblasti praktického využitia teoreticko-chemických a teoreticko- fyzikálnych výpočtov, vzhľadom na fakt, že odborné kompetencie zamestnancov CITu z časti pokrývajú aj túto oblasť.
Text odporúčanej informácie pre autorov o inštitucionálnej podpore vedeckého projektu, ako súčasť publikačných výstupov
Acknowledgment: This work was supported in part through the Comenius University in Bratislava CLARA@UNIBA.SK high performance computing facilities, services and staff expertise of Centre for Information Technology. https://uniba.sk/en/HPC-Clara
Poďakovanie: Táto práca bola čiastočne podporená vedecko-výskumnou platformou Univerzity Komenského v Bratislave na zariadeniach, IKT službách a odborných znalostiach zamestnancov Centra informačných technológií pre vysokovýkonné počítanie CLARAUNIBA.SK. https://uniba.sk/HPC-Clara
Disseminácia výstupov projektu
- informačný a disseminačný seminár pre výskumných pracovníkov 16.01.2020 na PriFUK
- informačný a disseminačný seminár pre výskumných pracovníkov 14.02.2020 na FaFUK
- informačný a disseminačný seminár – zostal iba plánoch, pretože COVID-19
Základné technické údaje o klastri CLARA@UK
| Výrobca | Supermicro |
|---|---|
| Hardvér | SYSF619P2-RT/ X11DPFR |
| Typ CPU | a) 2xCPU - Intel Xeon Silver 4216 b) 2xCPU - Intel Xeon Gold 6226R c) 2xCPU - Intel Xeon Gold 6240R |
| Parametre CPU | a) 2.1GHz, 16C/32T, AVX-512 1xFMA b) 2.9GHz, 16C/32T, AVX-512 2xFMA c) 2.4GHz, 24C/48T, AVX-512 2xFMA |
| Interkonektivita | 56G InfiniBand + 2x10G Ethernet |
| Počet modulov (priestorový faktor 4U) | 2 |
| Počet výpočtových uzlov | 16 |
| Počet soketov CPU | 32 |
| Počet prepojovacích zariadení InfiniBand | 2 |
| Celková aktuálna konfigurácia | 576 cCPU, RAM 7680GB, SDD 104TB |
| Aktuálne inštalovaný výkon pre Double Precision aritmetiku | 27 TFLOPS |
| Aktuálna energetická náročnosť | <4kW |
| Nainštalovaný systémový softvér | CentOS 7.4, Sun Grid Engine SGE v.8.1, Open MPI v.2.1, gcc / gfortran v.4.8 |
| Optimalizované matematické knižnice | OpenBLAS v.0.3.13 |
Kľúčové kvantitatívne parametre využitia ku dňu 15.03.2020
| Parameter | Hodnota | Jednotky |
|---|---|---|
| celkový počet používateľov | 32 | výskumníkov |
| počet dokončených úloh | 4622 | Ks |
| priemerná dĺžka trvania úlohy | 13325 | Sec |
| celkový "virtuálny" CPU** čas | 4637 | Dní |
| počet I/O operácii (read/write bytes) | 40,7 | PB |
| **=prepočet na 1 fyzické jadro, výpočty by trvali toľko | ||
| APLIKÁCIE | Počet úloh | % |
| DIRAC | 637 | 14 |
| GAUSSIAN | 2576 | 56 |
| Open MOLCAS | 1200 | 26 |
| NWCHEM | 32 | 1 |
| SCHRODINGER | 177 | 4 |
| CFOUR | ||
| GROMACS | ||
| MRCC |
Vedecké projekty UK, s top využitím výpočtových zdrojov CLARA@UK
Zodpovedný riešiteľ: Doc. Pavel Neogrády, DrSc.
Názov vedeckého projektu: Referenčné výpočty vlastností, interakcií a reaktivity chemických systémov.
Oblasť teoretického zamerania: teoretická a počítačová chémia
Zodpovedný riešiteľ: Prof. Ivan Černušák, DrSc.
Názov vedeckého projektu: Eurofusion WPHCD-2020-ENR Computational modelling of Cs-Mo and impurities interactions in NBI sources
Oblasť teoretického zamerania: Materiálová chémia / dizertačná práca Mgr. Silvia Kozáková
Zodpovedný riešiteľ: Prof. Ivan Černušák, DrSc. a Dr. Florent Louis (Univ. Lille)
Názov vedeckého projektu: Chemical reactivity of halogens in troposphere (bilateral cooperation CU and UL)
Oblasť teoretického zamerania: Atmosférická chémia
Zodpovedný riešiteľ: Florent Louis (Associate Professor) –
Participants : Florent Louis (Associate Professor), Sonia Taamalli (Research Engineer), Zainab Srour (Master 2 student in Atmospheric Environment)
Address : PhysicoChimie des Processus de Combustion et de l’Atmosphère (PC2A), UMR CNRS/Université de Lille 8522, Université de Lille, Bât. C11, 59655 Villeneuve d’Ascq, France
Názov vedeckého projektu: Atmospheric chemistry of halogenated species
Oblasť teoretického zamerania: Computational Chemistry
Zodpovedný riešiteľ: Dr. Michal Májek
Názov vedeckého projektu: V rámci projektu PECaN (H2020) – Foto-elektro katalýza: nová paradigma v aktivácii organických molekúl. Výpočet fotochemických a elektrochemických vlastností organických látok a štúdium ich reaktivity pomocou DFT metód.
Oblasť teoretického zamerania: organická chémia, organická fotochémia a elektrochémia
Zodpovedný riešiteľ: Doc. Ing. Vladimir Frecer, DrSc.
Názov vedeckého projektu: APVV-17-0239 Počítačový dizajn, syntéza, testovanie a dispozícia inhibítorov neuraminidáz chrípkového vírusu typu A ako potenciálnych antivirálnych látok
Oblasť teoretického zamerania: Molekulové modelovanie a dizajn antivirálnych látok
Zodpovedný riešiteľ: Doc. Ing. Vladimir Frecer, DrSc.
Názov vedeckého projektu: VEGA 1/0228/17 Výskum antimikrobiálnych látok a ich vplyvu na modelové membrány.
Oblasť teoretického zamerania: Molekulové modelovanie a dizajn antimikrobiálnych látok
Zodpovedný riešiteľ: Doc. Ing. Vladimir Frecer, DrSc.
Názov vedeckého projektu: Modelovanie vzťahu štruktúra – funkcia mutantných proteínov pacientov s geneticky podmienenými ochoreniami sietnice
Oblasť teoretického zamerania: rigorózna práca uchádzača Mgr. Adam Hotra, PhD.
Zodpovedný riešiteľ: Doc. Ing. Vladimir Frecer, DrSc.
Názov vedeckého projektu: QSAR a výskum antimikrobiálnych peptidomimetík
Oblasť teoretického zamerania: rigorózna práca uchádzača Mgr. Peter Polonec
Zodpovedný riešiteľ: Doc. Ing. Vladimir Frecer, DrSc.
Názov vedeckého projektu: QSAR a návrhy nových antivirálnych látok
Oblasť teoretického zamerania: diplomová práca uchádzača Michal Talapka
Zodpovedný riešiteľ: RNDr. Lukas Felix Pasteka PhD.
Názov vedeckého projektu: Teoretická spektroskopia vybraných molekúl a možnost ich laserového chladenia
Oblasť teoretického zamerania: Bakalárska práca, Andrej Hurajt
Zodpovedný riešiteľ: prof. RNDr. Miroslav Urban, DrSc.
Názov vedeckého projektu: CCSD(T) benchmarks for DFT modeling of covalent and dispersion interactions in polyethylene cross-linked by metal atoms
Oblasť teoretického zamerania: Materiálová chémia
Zodpovedný riešiteľ: Radovan Šebesta; ďalší riešitelia: Mgr. Patrícia Čmelová (doktorand)
Názov vedeckého projektu: Hybridné peptidové – tiomočovinové katalazátory (téma riešená v rámci projektu APVV-18-0242, Asymetrická multikatalýza pre efektívnu syntézu chiálnych karbocyklických a heterocyklických zlúčenín)
Oblasť teoretického zamerania: organická chémia (asymetrická katalýza)
Zodpovedný riešiteľ: Radovan Šebesta; ďalší riešitelia: Mgr. Dominika Krištofíková (doktorand)
Názov vedeckého projektu: Stereoselektívne domino reakcie s mechanickou aktiváciou (téma riešená v rámci projektu VEGA 1/0332/19, Mechanochémia – nástroj pre efektívnu asymetrickú katalýzu)
Oblasť teoretického zamerania: organická chémia (asymetrická katalýza)
<output></output>
Kapacitná vyťaženosť klastra - 24 hodín
