Lešno 1648 - 1650

Ťažko chorá manželka po návrate zomrela a Komenskému zostali dve malé deti, ktoré sa narodili v Elblagu. Krízu nádejí na návrat exulantov do vlasti vyjadril v treťom diele Truchlivého (1651). V roku 1650 vydáva svoj chýrny spis Kšaft umierajúcej matky jednoty bratskej. Šestoro odkazov Jednoty národu vyzýva k hľadaniu Božej pravdy, k láske ku Kralickej biblii, ku svornosti a k znášanlivosti, k poriadku a disciplíne, k starostlivosti o rodný jazyk a k starostlivej výchove mládeže.

V roku 1648 mu pribudli aj ďalšie povinnosti. Stal sa seniorom, biskupom Jednoty bratskej. Jeho povinnosťou bolo ju nerozpustiť a udržať aj do budúcnosti. V r. 1649 sa oženil s Janou Gajusovou, ktorá prevzala starostlivosť o dve malé deti.