Predexilové pôsobenie na Morave 1614 – 1628

V r. 1614 vracia do vlasti plný nových podnetov a impulzov. Cez Prahu sa vracia do Přerova a stáva sa rektorom školy, ktorú nedávno navštevoval ako študent. V r. 1616 ho vysvätili i za bratského duchovného. V tom istom roku vydáva učebnicu Pravidla snazší mluvnice. V Přerově začína pracovať na svojom veľkom česko-latinskom a latinsko-českom slovníku, koncipuje novú mapu Moravy a píše spisy O starožitnostech Moravy a O rodu Žerotínů, ktoré sa stratili.

V r. 1618 odchádza do severomoravského Fulneku so svojou manželkou Magdalénou, s ktorou sa oženil v Přerově. Jeho rodinné šťastie a rovnako aj pracovné plány boli zničené vývojom politických udalostí. Vo Fulneku v r. 1618 - 1621 pôsobil ako správca bratského zboru a fulneckej bratskej školy. Ďalej študuje a rozširuje si svoj duchovný obzor. Zaujíma sa o geodéziu, astronómiu, geografiu, históriu. Okrem toho pracuje na mape Moravy, ktorú dokončí a vydá v r. 1627 v Amsterdame.

Všíma si tiež sociálnu problematiku, vzťahy medzi chudobnými a bohatými. Ako správca bratského zboru musel často riešiť problémy vyplývajúce z rozdielneho sociálneho postavenia ľudí. Tak vznikol spis Listové do nebe, v ktorom chudobní i bohatí píšu o svojich ťažkostiach a trýzniach Kristovi, ten ich poúča, ako sa zachovať. Z Fulneku sleduje politický vývoj, ktorý vyvrcholil v r. 1620 porážkou českých stavov v bitke na Bielej hore. Víťazné vojská obsadili nakoniec aj Fulnek, preto Komenský posiela svoju rodinu do Přerova a v zime 1621 - 1622 odchádza aj sám. V tejto ťažkej dobe, keď musel opustiť manželku, ktorá čakala druhé dieťa, začína písať „útešné spisy“ Prvým z nich je Přemyšlování o dokonalosti křesťanské, ktorý napísal pre svoju opustenú ženu. Dalšími útešnými spismi boli napr.: Nedobytedlný hrad (1622), O sirobě (1622 - 1624) a Truchlivý (1624). Následne ho postihla aj osobná tragédia, keď mu zomrela manželka s oboma malými deťmi.

Komenský prežíva v týchto rokoch hlbokú vnútornú krízu. Od vydania dekrétov o vypovedaní nekatolíckych duchovných žil v ilegalite. Skrýval sa na rozličných miestach severnej Moravy a na východočeskom panstve Karola Staršieho zo Žerotína v jeho rodisku Brandýse nad Orlicou. Vrcholom jeho literárnej tvorby je Labyrint světa a ráj srdce, ktorý venoval svojmu ochrancovi Karolovi Staršiemu zo Žerotína. Pôvodný názov Labyrint světa a lusthauz srdce zmenil v 2. vydaní (1663). F. Palacký pokladal dielo za najväčší klenot staršej českej literatúry. Alegorický námet púte poskytol autorovi prostriedok k hlbokej spoločenskej kritike a k interpretácii svojho poňatia dokonalého kresťanstva.

Dňa 3. septembra 1624 uzatvoril Komenský druhé manželstvo s dcérou seniora Jednoty bratskej, Jana Cyrilla, Dorotkou. V službách Jednoty vykonal v r. 1625 - 1626 mnoho dôležitých ciest, ktorých cieľom bolo organizačne pripraviť emigráciu a získať politickú a materiálnu pomoc v zahraničí. Navštívil poľské Lešno, ktoré sa stalo duchovným centrom českej vetvy Jednoty. V Sliezsku sa stretáva s neskorým reformačným humanizmom, ale dostáva sa aj do prostredia chiliazmu a revelácií.

Posledné roky pobytu v Čechách (1626-1628) strávil v Bílé Třemešné pri Dvore Králové na panstve Jiřího Sadovského ze Sloupna. Oboznamuje sa so základnými dielami vtedajšej pedagogiky E. Bodina, W. Ratkeho a J. L. Vivesa. Prepracúval svoje Theatrum v Amphitheatrum universitatis rerum a prebásňoval Žalmy.

Pred odchodom z Čiech poznal videnia a proroctvá jednak Nemca Kryštofa Kottera, Kristíny Poniatowskej a svojho strážnického spolužiaka Mikuláša Drabíka.